Η βασική διαδικασία λειτουργίας μιας φρέζας CNC περιλαμβάνει συνήθως την ενεργοποίηση, την επιστροφή στο σημείο αναφοράς, την είσοδο προγράμματος, τη σύσφιξη του τεμαχίου εργασίας, τη ρύθμιση του εργαλείου, τη μηχανική κατεργασία και την απενεργοποίηση. Πρέπει να ακολουθούνται διαδικασίες ασφαλείας κατά τη λειτουργία, όπως να φοράτε κατάλληλο προστατευτικό εξοπλισμό και να χρησιμοποιείτε σωστά το κουμπί διακοπής έκτακτης ανάγκης. Ο πίνακας ελέγχου του συστήματος CNC αποτελείται συνήθως από μια οθόνη CRT, έναν πίνακα MDI και έναν πίνακα ελέγχου εργαλειομηχανών. Ο προγραμματισμός είναι μια βασική δεξιότητα για τη λειτουργία μιας μηχανής φρέζας CNC, που περιλαμβάνει τόσο χειροκίνητο όσο και αυτόματο προγραμματισμό.
Η επιλογή των παραμέτρων κοπής πρέπει να ακολουθεί ορισμένες αρχές: η χονδροποίηση στοχεύει σε υψηλούς ρυθμούς αφαίρεσης μετάλλων, ενώ το φινίρισμα στοχεύει σε υψηλή ποιότητα επιφάνειας. Βασικές παράμετροι όπως η ταχύτητα κοπής Vc και ο ρυθμός τροφοδοσίας πίνακα F μπορούν να υπολογιστούν χρησιμοποιώντας τύπους.
